Эмиль Владимирович Лотяну родился 6 ноября 1936 года в селе Секуряны на Черниговщине.

В 1953-1955 годах учился на актерском факультете школы-студии им. В.И.Немировича-Данченко при МХАТ. В 1952-1954 ггодах был актёром драматического театра им. А. С. Пушкина. В 1962 году он окончил режиссерский факультет ВГИКа, где занимался в мастерской Г.Рошаля и Ю.Геники, и начал работать на киностудии «Молдова-фильм», где дебютировал героико-революционной лентой «Ждите нас на рассвете» (1963).

В 1966 году Эмиль Лотяну поставил картину о молдавских чабанах «Красные поляны», ставшую исходной точкой его поэтико-романтической линии в режиссуре.

С 1973 года Эмиль Лотяну перешел работать на «Мосфильм». В кинопоэме о народных музыкантах «Лаутары» (1972), отмеченной призом кинофестиваля в Сан-Себастьяне, творческая концепция режиссера получила особенно яркое выражение благодаря синтезу зрительных образов и музыки.

Музыкальность и поэтичность остались для Лотяну важнейшим элементом стиля и в его экранизациях М.Горького – картина «Табор уходит в небо» (1976), удостоенная главного приза кинофестиваля в Сан-Себастьяне, – и А.П. Чехова – «Мой ласковый и нежный зверь» (1978).

В 1983 режиссер поставил фильм «Анна Павлова» – по биографии великой русской балерины Анны Павловой.

В конце 1980-х годов он вновь вернулся на «Молдова-фильм», работал на молдавском телевидении, где экранизировал поэму М.Эминеску «Лучафэрул».

В 1987-1992 годах он был президентом Союза Кинематографистов Молдовы, а также преподавал на курсах для актеров театра в Кишиневском Институте искусств.

В 1998 году поставил во МХАТе имени М. Горького спектакль «Весь ваш Антоша Чехонте» по произведениям Антона Павловича Чехова "Медведь", "Свадьба".

Известен Лотяну и как автор нескольких сборников стихов – «Смятение» (1956), «Ритмы» (1965), «Двойная спираль» (1976) и других – и сборника рассказов и повестей.

Народный артист РСФСР, заслуженный деятель искусств Молдавской ССР Эмиль Владимирович Лотяну – обладатель различных кинематографических наград, его фильмы неоднократно отмечались призами крупнейших международных фестивалей.

У Эмиля Лотяну было много различных романов, преимущественно с женщинами, которые были намного младше его.

Светлане Тома он дал путевку в большое кино. "Мне семнадцать лет, стою на остановке, еду поступать на юрфак. Ко мне подошел Эмиль, пригласил сниматься в кино. Родные отговаривали, но он обаял моих родителей. Так я снялась в фильме «Красные поляны». Потом был «Табор уходит в небо»... Конечно, на съемочной площадке он был диктатором, но наедине со мной это был только любимый человек", – рассказывала актриса.

Далее у него был роман, а затем и брак с актрисой Галиной Беляевой, которая снялась у Лотяну в картинах «Мой ласковый и нежный зверь» и «Анна Павлова». В браке они прожили пять лет – с 1979 по 1984 годы. У них родился сын Эмиль. Эмиль Лотяну-младший окончил юридический факультет МГУ и факультет продюсерства и экономики ВГИКа, жил в США, в Лос-Анджелесе, был женат, имеет двоих детей.

Последняя любовь режиссера – Петра Фильчакова. Эмиль Лотяну должен был снимать ее в своем последнем фильме «Яръ». Съемки начались в марте 2003-го, а в апреле мастера не стало.

Скончался Эмиль Владимирович Лотяну 18 апреля 2003 года в Москве, похоронен на Ваганьковском кладбище столицы.