15 ноября 1988 года приказом МВД СССР было организовано 6-е управление МВД СССР. Сегодня эта дата считается Днем создания подразделений по борьбе с организованной преступностью в России.

В феврале 1991 года 6-е управление было преобразовано в Главное управление по борьбе с наиболее опасными преступлениями, организованной преступностью, коррупцией и наркобизнесом. Еще через год было создано Главное управление по организованной преступности (ГУОП) МВД России. В 1999-2004 годах – Главное управление по борьбе с организованной преступностью, с 2004 года – Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом МВД России. В 2008 году в результате реформирования МВД департамент преобразован в Главное управление по противодействию экстремизму МВД РФ (ГУПЭ МВД России).

В настоящее время ГУПЭ МВД РФ – самостоятельное структурное подразделение полиции, оно входит в центральный аппарат МВД России, являясь головным оперативным подразделением министерства в сфере противодействия экстремистской деятельности и терроризму.

Основными направлениями деятельности подразделений по борьбе с организованной преступностью определены борьба с терроризмом, незаконным оборотом оружия и наркотиков, организованной преступностью и коррупцией, а также раскрытие и расследование тяжких и особо тяжких преступлений.