День командира надводного, подводного и воздушного корабля установлен в 2007 году приказом Главнокомандующего ВМФ адмирала В.С. Высоцкого «О введении годового праздника Дня командира корабля Военно-морского флота».

Отмечается в день Наваринского морского сражения (08.10.1827), в котором отличился линейный корабль «Азов» под командованием капитана первого ранга Михаила Лазарева. По Григорианскому календарю, то есть по новому стилю, в XXI веке этот день приходится на 20 октября. Однако в приказе «О введении годового праздника Дня командира корабля Военно-морского флота» почему-то указана дата 8 октября – по старому стилю, то есть, по юлианскому календарю.

Экипаж «Азова» уничтожил пять турецких кораблей и вдобавок успешно атаковал флагманский корабль Мухаррем-бея. За мужество и умелое командование Михаил Лазарев был удостоен наград сразу трёх государств – Греции, Франции и Британии, а в России был произведён в контр-адмиралы.

Профессиональный праздник введен по инициативе ветеранских организаций, в том числе региональной общественной организации адмиралов и генералов ВМФ «Клуб Адмиралов».