Сергей Алексеевич Субботин родился 15 августа 1955 года в деревне Юшковская Климовского сельсовета Коношского района Архангельской области.

Окончил Куйбышевский ордена Трудового Красного Знамени авиационный институт имени академика С.П. Королева (ныне Самарский государственный аэрокосмический университет имени С.П. Королева) по специальности «инженер-металлург» (1978), специальные курсы КГБ в Минске (1980), Краснознаменный институт КГБ СССР им. Ю.В. Андропова по специальности «экономист-международник» (1987). Прошёл переподготовку по специальности «финансы и кредит» в Мурманском институте экономики и права (2002).

В 1978-1980 годах работал мастером инструментального участка на Оленегорском механическом заводе.

С 1980 года – сотрудник управления  КГБ (ФСБ) по Мурманской области, в том числе на Кольской АЭС, с 1984 года – в службе внешней разведки, в том числе в Германии.

С 1995 года – генеральный директор группы компаний «Аудит Сервис».

С 2002 года – заместитель губернатора Мурманской области (Ю.А. Евдокимова).

Избран во втором туре главой муниципального образования «Город Мурманск» 15 марта 2009 года, набрав более 60% голосов избирателей.

В июне 2010 года решением Мурманского городского Совета депутатов отправлен в отставку за «системный сбой в системе ЖКХ», ухудшение санитарной обстановки, отсутствие контроля за муниципальным имуществом. 24 июня 2010 года суд подтвердил законность решения городского совета.

Ныне на пенсии.

Владеет немецким языком.

Женат, имеет сына и двух внуков.